《ORIENT东方少年》描述在战国时代，日本成了鬼怪的天下，人类处处遭受迫害，因此有一群武士努力降伏魔怪，一心想要恢复人类的世界。受此影响，武藏和小次郎从小就对武士心怀憧憬，两人约好长大后要一起组成最厉害的武士团为民除害。然而，在鬼怪的统治下，武士反被妖魔化，成为众人唾弃的对象。在大环境不利于己的情况下，两人要如何实现心中的梦想？